学校设有水产学院、食品科技学院、海洋与气象学院、农学院、工程学院、经济管理学院、航海学院、信息学院、软件学院、理学院、文学院、法学院、外国语学院、政治与行政学院、体育与休闲学院、中歌艺术学院、职业技术学院、继续教育学院等18个二级学院,1个教学部——思想政治理论课教学部以及1个独立学院——广东海洋大学寸金学院。