大学机关编设“一办七处”(办公室、教务处、教保处、科研学术处、政治工作处、纪检监察处、安全管理处、供应保障处)和职业教育中心、教学考评中心、教研保障中心、服务保障中心、警通勤务连,下设基础医学院、军事预防医学系、药学与检验医学系、生物医学工程与影像医学系、高原军事医学系、全科医学系、医学心理系、护理系、陆军卫勤训练基地、研究生院、外训大队、士官学校(含附属医院)、边防卫勤训练大队,以及西南医院(含陆军第九五八医院)、新桥医院(含陆军第九五三医院)两所附属医院和陆军特色医学中心。
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